2009年6月財政部、國家稅務總局發(fā)布了《關于補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費有關企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅[2009]27號）。該通知規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據國家有關規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，在不超過職工工資總額5％標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除。

由于有了企業(yè)所得稅扣除優(yōu)惠，企業(yè)為職工辦理2008年1月1日以來的補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險的積極性大增。由于繳納補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險人數增加，其涉及的個人所得稅問題頗受關注。

《財政部、國家稅務總局關于基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）規(guī)定，企事業(yè)單位按照國家或省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，免征個人所得稅；個人按照國家或省、自治區(qū)、直轄市人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，允許在個人應納稅所得額中扣除。企事業(yè)單位和個人超過規(guī)定的比例和標準繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費和失業(yè)保險費，應將超過部分并人個人當期的工資、薪金收入，計征個人所得稅。

根據上述文件規(guī)定，企事業(yè)單位按照國家或省級人民政府規(guī)定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費和住房公積金，免征個人所得稅。在該文件的免稅項目中，不包括補充醫(yī)療保險，所以，企業(yè)為職工支付的補充醫(yī)療保險應當征收個人所得稅。

企業(yè)為職工個人購買商業(yè)性補充養(yǎng)老保險等，在辦理投保手續(xù)時應作為個人所得稅的工資、薪金所得項目，按稅法規(guī)定繳納個人所得稅。個人所得稅的具體納稅時間應當按照．《國家稅務總局關于單位為員工支付有關保險繳納個人所得稅問題的批復》（國稅函[2005]318號）規(guī)定，對企業(yè)為員工支付各項免稅之外的保險金，應當在企業(yè)向保險公司繳付時并人員工當期的工資收入，按工資、薪金所得項目計征個人所得稅，稅款由企業(yè)負責代扣代繳。

根據財稅[2006]10號文件的規(guī)定；企業(yè)為職工支付的補充醫(yī)療保險金不屬于免稅項目，應當征收個人所得稅。根據目前的普遍做法，各地社會保險基金管理中心并不負責補充醫(yī)療基金的管理，通常做法是企業(yè)委托商業(yè)!陛保險公司代為管理或由企業(yè)自行管理。如果企業(yè)將補充醫(yī)療保險委托商業(yè)性保險公司管理，則應當在保險公司落到被保險人的保險賬戶時代扣代繳個人所得稅。

企業(yè)自行管理模式比較有代表性的是北京市的補充醫(yī)療保險費。《北京市基本醫(yī)療保險規(guī)定》規(guī)定，企業(yè)補充醫(yī)療保險費在本企業(yè)職工工資總額4％以內的部分，列入成本，準予稅前扣除。補充醫(yī)療保險費用于支付職工和退休人員在定點醫(yī)療機構和定點零售藥店發(fā)生的費用，包括個人賬戶不足支付的醫(yī)療費用、基本醫(yī)療保險統(tǒng)籌基金支付之余應由個人支付的醫(yī)療費用以及大額醫(yī)療費用互助資金支付之余應由個人支付的醫(yī)療費用?！侗本┦衅髽I(yè)補充醫(yī)療保險暫行辦法》（京勞社醫(yī)發(fā)[2001]16號）規(guī)定，補充醫(yī)療保險由企業(yè)管理。企業(yè)補充醫(yī)療保險費當年結余部分，結轉下一年度使用。由于企業(yè)計提補充醫(yī)療保險時并沒有落人個人賬戶，而且以后每位職工報銷的醫(yī)療費用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個人所得稅。