醫(yī)療保險參保人員的報銷程序如下：持新型農(nóng)村合作醫(yī)療證書的參保農(nóng)民在指定機(jī)構(gòu)門診就診，直接到指定醫(yī)療機(jī)構(gòu)就診。根據(jù)《新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度證書》家庭門診賬戶的現(xiàn)有金額，減免醫(yī)療費用，超出部分由參合農(nóng)民自己支付。定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)及時向農(nóng)業(yè)醫(yī)療機(jī)構(gòu)結(jié)算。

參加農(nóng)民在市、縣、鄉(xiāng)指定的醫(yī)療機(jī)構(gòu)就醫(yī)的，由指定的醫(yī)療機(jī)構(gòu)直接給予補(bǔ)償。對指定醫(yī)療機(jī)構(gòu)發(fā)生的醫(yī)療費用，應(yīng)當(dāng)進(jìn)行審查，并按照實施辦法規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)預(yù)繳補(bǔ)助金額。

參加省定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)和非定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)住院的農(nóng)民，由鄉(xiāng)鎮(zhèn)農(nóng)業(yè)醫(yī)療機(jī)構(gòu)給予補(bǔ)償。住院醫(yī)療費用由鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）農(nóng)業(yè)醫(yī)療機(jī)構(gòu)一次性報銷2000元以下（含2000元）。報銷金額必須經(jīng)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）農(nóng)業(yè)醫(yī)療機(jī)構(gòu)2000元以上審批或者縣農(nóng)業(yè)衛(wèi)生局批準(zhǔn)方可報銷。

申領(lǐng)補(bǔ)償時，需帶身份證、戶口本、《新農(nóng)合證》(此三證原件審核后復(fù)印存底)醫(yī)療機(jī)構(gòu)的有效住院發(fā)票、出院小結(jié)(或病歷)、費用清單和轉(zhuǎn)診證明。

患門診大病(慢性病)的參合農(nóng)民在規(guī)定時間(一般在每年7月和12月份)，需帶身份證、戶口本、《新農(nóng)合證》、門診發(fā)票及清單、門診病歷、檢查報告、二級甲等以上醫(yī)院或?qū)？漆t(yī)院的門診大病(慢性病)證明到鄉(xiāng)(鎮(zhèn))農(nóng)醫(yī)所辦理。

對已參加了商業(yè)保險的參合農(nóng)民和參加了學(xué)生醫(yī)療保險的在校學(xué)生，出院后既要商業(yè)保險賠付又要新農(nóng)合補(bǔ)償時，參合農(nóng)民應(yīng)先將住院發(fā)票原件和發(fā)票復(fù)印件先交農(nóng)醫(yī)所或縣級定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)核對后予以補(bǔ)償，再將住院發(fā)票原件到商業(yè)保險公司賠付。發(fā)票復(fù)印件由農(nóng)醫(yī)所或縣級定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)保存，但外傷病人只能原件報銷(學(xué)生除外)。

住院費用在出院后三個月內(nèi)結(jié)算，超過三個月的，免予賠償。按照實施辦法，農(nóng)業(yè)醫(yī)療機(jī)構(gòu)應(yīng)當(dāng)在10個工作日內(nèi)向參合農(nóng)民支付標(biāo)準(zhǔn)補(bǔ)償金。