根據(jù)2009年6月發(fā)布的通知，企業(yè)自2008年1月1日起，按照國家有關規(guī)定，扣除企業(yè)中所有從業(yè)人員繳納的補充養(yǎng)老保險費和補充醫(yī)療保險費，將員工工資總額的5%作為標準。

　　由于企業(yè)所得稅優(yōu)惠扣減，企業(yè)自2008年1月1日起對職工補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險的積極性大大提高。隨著補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險的增加，涉及個人所得稅的問題備受關注。

　　根據(jù)上述文件，企業(yè)、事業(yè)單位根據(jù)基本養(yǎng)老保險費、基本醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費和住房公積金的實際繳納情況，免征個人所得稅。用國家或者省人民政府規(guī)定的比例或者辦法。補充醫(yī)療保險不包括在本文件的豁免項目中。因此，企業(yè)為職工支付的補充醫(yī)療保險，應由個人所得稅征收。

　　企業(yè)為職工個人購買商業(yè)性補充養(yǎng)老保險等，在辦理投保手續(xù)時應作為個人所得稅的工資、薪金所得項目，按稅法規(guī)定繳納個人所得稅。個人所得稅的具體納稅時間應當按照.《國家稅務總局關于單位為員工支付有關保險繳納個人所得稅問題的批復》(國稅函[2005]318號)規(guī)定，對企業(yè)為員工支付各項免稅之外的保險金，應當在企業(yè)向保險公司繳付時并人員工當期的工資收入，按工資、薪金所得項目計征個人所得稅，稅款由企業(yè)負責代扣代繳。

　　根據(jù)財稅[2006]10號文件的規(guī)定;企業(yè)為職工支付的補充醫(yī)療保險金不屬于免稅項目，應當征收個人所得稅。根據(jù)目前的普遍做法，各地社會保險基金管理中心并不負責補充醫(yī)療基金的管理，通常做法是企業(yè)委托商業(yè)!陛保險公司代為管理或由企業(yè)自行管理。如果企業(yè)將補充醫(yī)療保險委托商業(yè)性保險公司管理，則應當在保險公司落到被保險人的保險賬戶時代扣代繳個人所得稅。

　　企業(yè)自我管理模式的典型案例是北京的補充醫(yī)療保險費。根據(jù)相關規(guī)定，企業(yè)職工補充醫(yī)療保險費的部分在職工工資總額的4%以內(nèi)，應當計入費用，并在稅前扣除。補充醫(yī)療保險費用應當包括定點醫(yī)療機構和定點零售藥房工作人員和離退休人員的費用，包括個人賬戶不足額支付的醫(yī)療費用、個人支付的醫(yī)療費用。除基本醫(yī)療保險基金外，個人支付的醫(yī)療費用除用于醫(yī)療費用的大量共同基金外醫(yī)療費用已付?！侗本┦衅髽I(yè)補充醫(yī)療保險暫行辦法》(京勞社醫(yī)發(fā)[2001]16號)規(guī)定，補充醫(yī)療保險由企業(yè)管理。企業(yè)補充醫(yī)療保險費當年結余部分，結轉下一年度使用。由于企業(yè)計提補充醫(yī)療保險時并沒有落人個人賬戶，而且以后每位職工報銷的醫(yī)療費用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個人所得稅。