根據(jù)2009年6月發(fā)布的通知，企業(yè)自2008年1月1日起，按照國(guó)家有關(guān)規(guī)定，扣除企業(yè)中所有從業(yè)人員繳納的補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)和補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)，將員工工資總額的5%作為標(biāo)準(zhǔn)。

　　由于企業(yè)所得稅優(yōu)惠扣減，企業(yè)自2008年1月1日起對(duì)職工補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)和補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)的積極性大大提高。隨著補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)和補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)的增加，涉及個(gè)人所得稅的問題備受關(guān)注。

　　根據(jù)上述文件，企業(yè)、事業(yè)單位根據(jù)基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)、失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)和住房公積金的實(shí)際繳納情況，免征個(gè)人所得稅。用國(guó)家或者省人民政府規(guī)定的比例或者辦法。補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)不包括在本文件的豁免項(xiàng)目中。因此，企業(yè)為職工支付的補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)，應(yīng)由個(gè)人所得稅征收。

　　企業(yè)為職工個(gè)人購買商業(yè)性補(bǔ)充養(yǎng)老保險(xiǎn)等，在辦理投保手續(xù)時(shí)應(yīng)作為個(gè)人所得稅的工資、薪金所得項(xiàng)目，按稅法規(guī)定繳納個(gè)人所得稅。個(gè)人所得稅的具體納稅時(shí)間應(yīng)當(dāng)按照.《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于單位為員工支付有關(guān)保險(xiǎn)繳納個(gè)人所得稅問題的批復(fù)》(國(guó)稅函[2005]318號(hào))規(guī)定，對(duì)企業(yè)為員工支付各項(xiàng)免稅之外的保險(xiǎn)金，應(yīng)當(dāng)在企業(yè)向保險(xiǎn)公司繳付時(shí)并人員工當(dāng)期的工資收入，按工資、薪金所得項(xiàng)目計(jì)征個(gè)人所得稅，稅款由企業(yè)負(fù)責(zé)代扣代繳。

　　根據(jù)財(cái)稅[2006]10號(hào)文件的規(guī)定;企業(yè)為職工支付的補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)金不屬于免稅項(xiàng)目，應(yīng)當(dāng)征收個(gè)人所得稅。根據(jù)目前的普遍做法，各地社會(huì)保險(xiǎn)基金管理中心并不負(fù)責(zé)補(bǔ)充醫(yī)療基金的管理，通常做法是企業(yè)委托商業(yè)!陛保險(xiǎn)公司代為管理或由企業(yè)自行管理。如果企業(yè)將補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)委托商業(yè)性保險(xiǎn)公司管理，則應(yīng)當(dāng)在保險(xiǎn)公司落到被保險(xiǎn)人的保險(xiǎn)賬戶時(shí)代扣代繳個(gè)人所得稅。

　　企業(yè)自我管理模式的典型案例是北京的補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)。根據(jù)相關(guān)規(guī)定，企業(yè)職工補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)的部分在職工工資總額的4%以內(nèi)，應(yīng)當(dāng)計(jì)入費(fèi)用，并在稅前扣除。補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)用應(yīng)當(dāng)包括定點(diǎn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)和定點(diǎn)零售藥房工作人員和離退休人員的費(fèi)用，包括個(gè)人賬戶不足額支付的醫(yī)療費(fèi)用、個(gè)人支付的醫(yī)療費(fèi)用。除基本醫(yī)療保險(xiǎn)基金外，個(gè)人支付的醫(yī)療費(fèi)用除用于醫(yī)療費(fèi)用的大量共同基金外醫(yī)療費(fèi)用已付?！侗本┦衅髽I(yè)補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)暫行辦法》(京勞社醫(yī)發(fā)[2001]16號(hào))規(guī)定，補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)由企業(yè)管理。企業(yè)補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)當(dāng)年結(jié)余部分，結(jié)轉(zhuǎn)下一年度使用。由于企業(yè)計(jì)提補(bǔ)充醫(yī)療保險(xiǎn)時(shí)并沒有落人個(gè)人賬戶，而且以后每位職工報(bào)銷的醫(yī)療費(fèi)用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個(gè)人所得稅。